南丫海难发生后，各界对海上安全的关注度大增，运输及房屋局继加强对船隻设计及船上安全设施的要求后，亦拟修例加强规管及培训海员。现时海员在履行职务时饮酒或受药物影响只会被船长「扣人工」，当局建议将「醉酒工作」刑事化，违规海员可被罚款2000港元，船长及船公司若证实没有规管好海员，一经定罪最高可被罚款2.5万港元及监禁2年，新例各项规定将于今年12月或明年1月生效。海员日后亦必须取得新证书证明资格，才可执行船上职务。
运输及房屋局指出，国际海事组织于2010年大幅修订《海员培训、发证和值班标準国际公约》，通称为《马尼拉修正案》，旨在更新海员的培训及发证规定，以加强航海安全。修正案于明年1月1日在国际实施，香港亦须跟随有关公约，将修正案的新规定纳入香港法例。
当局表示，目前普通船员如受酒精或药物影响以致行为不检或不适宜履行职责，即属违纪，船长可处以不超过1日工资的罚款;如海员重犯，则可处以不超过2日工资的罚款。有鑑于饮酒或服用非法药物会严重影响海员履行职务，当局建议将上述行为刑事化，加强管制。
为提供客观标準，新例将依照国际海事组织的规定，订明海员的血液酒精浓度不得高于0.05%，唿气酒精浓度不得高于0.25毫克/每公升。违法的船员定罪后可被罚款2000港元;船公司或船长若未能确保海员守法，更可被罚款2.5万港元及监禁2年。今次拟定的海员体内酒精含量限制，与药后及酒后驾驶的法例相近，司机100毫升血液中有50毫克或以上酒精;或在100毫升唿气中有22微克或以上酒精，均属违法。有关规例今日(6日)刊宪，下周叁(12日)提交立法会。
此外，海员日后须取得相关新证书才可执行船上的指定职务，并要接受为期半日或一日的训练，以加强客船人群管理、旅客安全及危机管理等方面的执行能力。另外，为确保海员得到培训及持有适当的证书，船公司须妥为记录，供海事处授权人士查核。